Ⅰ 引物设计软件众多,如何选择

确实,不同的软件设计的引物不一样。这与引物设计的参数设定有关。一般40到60%的GC含量,保证两引物间连续配对不超过6对,引物自身不形成loop就可以了。如果钱多任务急,可以考虑用多个软件给出的设计结果合成多对引物扩增看看。当然,资金紧张就算了。

Ⅱ 引物设计的、软件有哪些有什么优点和缺点

引物设计相关软件!
NoePrimer 2.03 独特的引物设计软件
Primer Premier 6.0 DEMO 序列分析与引物设计,非常棒的一个软件。
Oligo 7.36 Demo 引物设计分析著名软件,主要应用于核酸序列引物分析设计软件。
Primer D'Signer 1.1 免费的引物设计辅助软件,专门用于pASK-IBA和pPR-IBA表达载体,简化引物设计工作。
Array Designer 4.25 Demo DNA微阵列(microarray)软件,批量设计DNA和寡核苷酸引物工具。
Beacon Designer 7.80 Demo 实时荧光定量PCR分子信标(Molecular beacon )及TaqMan探针设计软件。
NetPrimer java语言写成的免费引物设计软件,用IE打开运行。
TGGE-STAR DOS软件,PCR结合梯度凝胶电泳实验引物设计软件。
e-PCR 2.3.9 电子克隆是一种电脑软件,用来识别DNA序列标签位点(STSs)。
FastPCR 6.0.165b2 快速设计各种类型PCR引物,还包括一些常用的DNA与蛋白序列软件工具;
OligoMaster 1.0.164 多用户寡核苷酸管理软件,可建立寡核苷酸数据库
PerlPrimer v1.1.19 一个免费的用来设计引物的开源软件。
AmplifX 1.5.4 设计与管理引物的软件。
AutoDimer 1.0 快速筛选二聚体引物软件。
MutaPrimer 1.00 用于定点突变的引物设计桌面工具软件
ORFprimer 1.6.4.1 JAVA语言设计的引物设计软件
Primer Prim'er 5.6.0 Flash制作的PCR引物设计软件。
PCR Analyzer 1.0 实时RT-PCR反应中估算初始扩增子浓度软件
在线工具
DNAWorks 3.0 是一个帮助进行基因合成的设计寡核苷酸序列的免费程序。 程序仅需要输入一些简单的信息,比如,目标蛋白的氨基酸序列及合成核酸序列的温度。程序输出的为适合所选择生物表达的优化密码子的核酸序列。利用DNAWorks的帮助,用两步PCR法,可以成功合成长度达到3000碱基对的基因。原始网站。
The Primer Generator 在线引物设计程序。
Primer 3 比较有名的在线引物设计程序。
Primo Pro 3.4 在线PCR引物设计java系列软件。
Web Primer 斯坦福大学提供的在线引物设计软件。
AutoPrime 快速设计真核表达实时定量PCR引物在线软件 .

一般性引物自动搜索可采用“Premier Primer 5”软件,而引物的评价分析则可采用“Oligo 6”软件。

附上两款软件使用方法!
Primer Premier 5.0 的使用技巧简介
1. 功能
“Premier”的主要功能分四大块,其中有三种功能比较常用,即引物设计( )、限制性内切酶位点分析( )和DNA 基元(motif)查找( )。“Premier”还具有同源性分析功能( ),但并非其特长,在此略过。此外,该软件还有一些特殊功能,其中最重要的是设计简并引物,另外还有序列“朗读”、DNA 与蛋白序列的互换( )、语音提示键盘输入( )等等。
有时需要根据一段氨基酸序列反推到DNA 来设计引物,由于大多数氨基酸(20 种常见结构氨基酸中的18 种)的遗传密码不只一种,因此,由氨基酸序列反推DNA 序列时,会遇到部分碱基的不确定性。这样设计并合成的引物实际上是多个序列的混和物,它们的序列组成大部分相同,但在某些位点有所变化,称之为简并引物。遗传密码规则因物种或细胞亚结构的不同而异,比如在线粒体内的遗传密码与细胞核是不一样的。“Premier”可以针对模板DNA 的来源以相应的遗传密码规则转换DNA 和氨基酸序列。软件共给出八种生物亚结构的不同遗传密码规则供用户选择,有纤毛虫大核(Ciliate Macronuclear)、无脊椎动物线粒体(Invertebrate Mitochondrion)、支原体(Mycoplasma)、植物线粒体(Plant Mitochondrion)、原生动物线粒体(Protozoan Mitochondrion)、一般标准(Standard)、脊椎动物线粒体(Vertebrate Mitochondrion)和酵母线粒体(Yeast Mitochondrion)。
2. 使用步骤及技巧
“Premier”软件启动界面如下:
(转载的时候就没有图)
其主要功能在主界面上一目了然(按钮功能如上述)。限制性酶切点分析及基元查找功能比较简单,点击该功能按钮后,选择相应的限制性内切酶或基元(如-10 序列,-35 序列等),按确定即可。常见的限制性内切酶和基元一般都可以找到。你还可以编辑或者添加新限制性内切酶或基元。
进行引物设计时,点击按钮,界面如下:
进一步点击按钮,出现“search criteria”窗口,有多种参数可以调整。搜索目的(Seach For)有三种选项,PCR 引物(PCR Primers),测序引物(Sequencing Primers),杂交****(Hybridization Probes)。搜索类型(Search Type)可选择分别或同时查找上、下游引物(Sense/Anti-sense Primer,或Both),或者成对查找(Pairs),或者分别以适合上、下游引物为主(Compatible with Sense/Anti-sense Primer)。另外还可改变选择区域(Search Ranges),引物长度(Primer Length),选择方式(Search Mode),参数选择(Search Parameters)等等。使用者可根据自己的需要设定各项参数。如果没有特殊要求,建议使用默认设置。然
后按,随之出现的Search Progress 窗口中显示Search Completed 时,再按,这时搜索结果以表格的形式出现,有三种显示方式,上游引物(Sense),下游引物(Anti-sense),成对显示(Pairs)。默认显示为成对方式,并按优劣次序(Rating)排列,满分为100,即各指标基本都能达标(如下图)。
点击其中一对引物,如第1#引物,并把上述窗口挪开或退出,显示“Peimer Premier”主窗口,如图所示:
该图分三部分,最上面是图示PCR 模板及产物位置,中间是所选的上下游引物的一些性质,最下面是四种重要指标的分析,包括发夹结构(Hairpin),二聚体(Dimer),错误引发情况(False Priming),及上下游引物之间二聚体形成情况(Cross Dimer)。当所分析的引物有这四种结构的形成可能时,按钮由变成,点击该按钮,在左下角的窗口中就会出现该结构的形成情况。一对理想的引物应当不存在任何一种上述结构,因此最好的情况是最下面的分析栏没有,只有。值得注意的是中间一栏的末尾给出该引物的最佳退火温度,可参考应用。
在需要对引物进行修饰编辑时,如在5’端加入酶切位点,可点击,然后修改引物序列。若要回到搜索结果中,则点击按钮。如果要设计简并引物,只需根据源氨基酸序列的物种来源选择前述的八种遗传密码规则,反推至DNA 序列即可。对简并引物的分析不需像一般引物那样严格。总之,“Premier”有优秀的引物自动搜索功能,同时可进行部分指标的分析,而且容易 使用,是一个相当不错的软件。

Oligo 6.22 使用技巧简介
1. 功能
在专门的引物设计软件中,“Oligo”是最著名的。它的使用并不十分复杂,但初学者容易被其复杂的图表吓倒。Oligo 5.0 的初始界面是两个图:Tm 图和ΔG 图;Oligo 6.22 的界面更复杂,出现三个图,加了个Frq 图。“Oligo”的功能比“Premier”还要单一,就是引物设计。但它的引物分析功能如此强大以至于能风靡全世界。
2. 使用(以Oligo 6.22 为例)
Oligo 6.22 的启动界面如下:
图中显示的三个指标分别为Tm、ΔG 和Frq,其中Frq 是6.22 版本的新功能,为邻近6至7 个碱基组成的亚单位在一个指定数据库文件中的出现频率。该频率高则可增加错误引发的可能性。因为分析要涉及多个指标,起动窗口的cascade 排列方式不太方便,可从windows菜单改为tili 方式。如果觉得太拥挤,可去掉一个指标,如Frq,这样界面的结构同于Oligo5.0,只是显示更清楚了。
经过Windows/Tili 项后的显示如图:
在设计时,可依据图上三种指标的信息选取序列,如果觉得合适,可点击Tm 图块上左下角的Upper 按钮,选好上游引物,此时该按钮变成,表示上游引物已选取好。下游引物的选取步骤基本同上,只是按钮变成Lower。∆G 值反映了序列与模板的结合强度,最好引物的∆G 值在5’端和中间值比较高,而在3’端相对低(如图:)
Tm 值曲线以选取72℃附近为佳,5’到3’的下降形状也有利于引物引发聚合反应。Frq 曲线为“Oligo 6”新引进的一个指标,揭示了序列片段存在的重复机率大小。选取引物时,宜选用3’端Frq 值相对较低的片段。
当上下游引物全选好以后,需要对引物进行评价并根据评价对引物进行修改。首先检查引物二聚体尤其是3’端二聚体形成的可能性。需要注意的是,引物二聚体有可能是上游或下游引物自身形成,也有可能是在上下游引物之间形成(cross dimer)。二聚体形成的能值越高,越不符合要求。一般的检测(非克隆)性PCR,对引物位置、产物大小要求较低,因而应尽可能选取不形成二聚体或其能值较低的引物。第二项检查是发夹结构(hairpin);与二聚体相同,发夹结构的能值越低越好。一般来说,这两项结构的能值以不超过4.5 为好。
当然,在设计克隆目的的PCR 引物时,引物两端一般都添加酶切位点,必然存在发夹结构,而且能值不会太低。这种PCR 需要通过灵活调控退火温度以达到最好效果,对引物的发夹结构的检测就不应要求太高。第三项检查为GC 含量,以45-55%为宜。有一些模板本身的GC 含量偏低或偏高,导致引物的GC 含量不能被控制在上述范围内,这时应尽量使上下游引物的GC 含量以及Tm 值保持接近,以有利于退火温度的选择。如果PCR 的模板不是基因组DNA,而是一个特定模板序列,那么最好还进行False priming site 的检测。这项检查
可以看出引物在非目的位点引发PCR 反应的可能性。如果引物在错配位点的引发效率比较高,就可能出假阳性的PCR 结果。一般在错配引发效率以不超过100 为好,但对于特定的模板序列,还应结合比较其在正确位点的引发效率。如果两者相差很大,比如在正确位点的引发效率为450 以上,而在错误位点的引发效率为130,那么这对引物也是可以接受的。当我们结束以上四项检测,按Alt+P 键弹出PCR 窗口,其中总结性地显示该引物的位置、产物大小、Tm 值等参数,最有用的是还给出了推荐的最佳退火温度和简单的评价。
由于“Oligo”软件的引物自动搜索功能与“Primer Premier 5”的相类似,并且似乎并不比后者更好用,在此不再赘述。其实,使用软件自动搜索引物就是让计算机按照人的要求去寻找最佳引物,如果参数设置得当将大大提高工作效率。
除了本地引物设计软件之外,现在还有一些网上引物设计软件,如由Whitehead Institute开发的“Primer 3”等(本网站http://210.72.11.60/ 已引进并调试好该软件,欢迎使用)。该软件的独特之处在于,对全基因组PCR 的引物设计;可以将设计好的引物对后台核酸数据库进行比对,发现并排除可引发错配的引物。因此建议经常做全基因组PCR 的用户试用。

Ⅲ 您好!请问设计SSR引物的软件都有哪些去哪里能够下载下来呢拜托啊,我有点不懂……嘿嘿

嗯,这个普通的引物设计软件就可以了,SSR的引物设计主要是找到重复序列两端的序列,然后按普通的引物设计原则就可以了。设计引物的软件比如:PP,Oligo,Mega 等都可以,你可以上小木虫搜到相关的软件及操作说明的。

Ⅳ pcr引物设计用什么软件好 有没有免费下载的

http://www.mcb.uct.ac.za/pcroptim.htm
如果你能看懂英文,这个最准了。

Ⅳ 抉择:简并引物设计的最佳设计软件

一直用primer,还有实验室老板自己写的一个软件,感觉诧异都不大,因为基本的要满足的要素都是一样的,最后也都能拿到蛋白,CODEHOP没用过,感觉万变不离其宗。

Ⅵ 引物设计有哪些软件呢有哪些免费软

primer5,primer6,primer express,beacon design,primer3,perlprimer,methprimer(设计甲基化引物)

如果需要设计定量PCR引物,可以在微信小程序搜索“版引物库”,提供权30多个植物、动物的定量PCR引物,并且列出了每一对引物所在的外显子,并进行了非特异性扩增的检测(ePCR)

网页链接

Ⅶ 师兄师姐们,有没有好的LAMP引物设计软件或网站

primerexplore.jp/e/这个网站可以